La base de la alimentación diaria era una especie de pan llamado bizcocho o galleta que se cocía dos veces. Para preparar las sopas de bizcocho, que eran la base de la alimentación diaria, añadían bacalao, carne y tocino salado, o verduras desecadas como cebolla y ajo. Además, solían llevar legumbres y cereales secos: haba txiki, guisantes, arroz, etc. Cuando, debido al mal tiempo, no se podía encender el fuego en el barco, componían la comida con queso y bizcocho. Los alimentos frescos duraban muy poco tiempo sin pudrirse y por eso los comían enseguida. Las bebidas más habituales eran vino, txakolí, sidra y agua. En los barcos que se abastecían en Euskadi para ir a Ternua a pescar la sidra era la bebida principal. El agua se pudría muy rápido, y por eso solían tomar sidra mezclada con agua como bebida habitual. Una vez a la semana, los domingos, bebían txakolí o vino.
En la primera expedición a las Molucas bajo el mando de Magallanes, los marineros soportaron mucha hambre y sed al cruzar el Pacífico. Esto es lo que dice Pigafetta en su diario:
“... El bizcocho que comíamos ya no era más pan sino un polvo mezclado de gusanos que habían devorado toda su sustancia y que además tenía un hedor insoportable por hallarse impregnado de orines de ratas. El agua que nos veíamos obligados a beber estaba igualmente podrida y hedionda. Para no morirnos de hambre, nos vimos aun obligados a comer pedazos de cuero de vaca con que se había forrado la gran verga para evitar que la madera destruyera las cuerdas. Este cuero, siempre expuesto al agua, al sol y a los vientos, estaba tan duro que era necesario sumergirlo durante cuatro o cinco días en el mar para ablandarlo un poco; para comerlo lo poníamos en seguida sobre las brasas. A menudo aun estábamos reducidos a alimentarnos de serrín, y hasta las ratas, tan repelentes para el hombre, habían llegado a ser un alimento tan delicado que se pagaba medio ducado por cada una.”
La falta de alimentos frescos ocasionaba graves enfermedades, sobre todo el temido escorbuto. El propio Urdaneta escribía lo siguiente en su diario:
“...Toda esta gente que falleció murió de crecerse las encías en tanta cantidad que no podían comer ninguna cosa y más de un dolor de pechos con esto; yo vi sacar a un hombre tanta grosor de carne de las encías como un dedo, y otro día tenerlas crecidas como si no le hubiera sacado nada...”.