La base de l’alimentation quotidienne était une espèce de pain dénommé « biscuit » qu’on faisait cuire deux fois. Pour préparer les soupes de biscuit, qui constituaient l’essentiel de la ration quotidienne, on ajoutait de la morue, de la viande, du lard salé ou des légumes déshydratés comme l’ail ou l’oignon. Les réserves comportaient aussi des légumineuses et des céréales sèches : fèves, petits pois, riz, etc. Quand en raison du mauvais temps, il n’était pas possible d’allumer du feu sur le bateau, le repas se composait de fromage et de biscuit. Les aliments frais pourrissaient très vite et devaient être mangés rapidement. Les boissons habituelles étaient le vin et l’eau.
Lors de la première expédition aux Moluques sous le commandement de Magellan, les marins souffrirent beaucoup de faim et de soif dans la traversée du Pacifique. Pigafetta affirme ainsi dans son journal de bord : « ... Le biscuit que nous mangions n’était plus du pain mais une poussière mêlée de vers qui en avaient dévoré toute la substance et qui, en plus, était d’une puanteur insupportable, étant imprégnée d’urine de souris. L’eau qu’on était obligé de boire était également putride et puante. Pour ne pas mourir de faim, nous étions contraints de manger les peaux de bœuf qui garnissaient la grand-vergue pour empêcher le bois de frotter contre les haubans. Exposées à l’eau, au soleil et au vent, elles étaient si dures qu’il fallait les faire macérer pendant quatre ou cinq jours dans l’eau de mer pour les faire ramollir ; pour les manger, on les plaçait sur les braises. Souvent, nous n’avions pas d’autres choix que de manger de la sciure, et même les rats, si repoussants pour l’homme, étaient devenus une denrée si recherchée qu’on les payait jusqu’à un demi-ducat pièce. »
La pénurie d’aliments frais provoquait de graves maladies, notamment le si redouté scorbut.
Le propre Urdaneta écrivait dans son journal de bord :
« ...Tous ces gens sont morts parce que leurs gencives ont tellement gonflé qu’ils ne pouvaient plus rien manger, et en plus de douleurs à la poitrine ; j’ai vu extraire des gencives d’un homme une quantité de chair aussi épaisse qu’un doigt de la main et le lendemain, ces gencives étaient à nouveau tuméfiées, comme si on n’avait rien fait... ».